コンテナの利用
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ロードマップ
module load singularity/3.0
: singularityモジュールの読み込み- すでに.sifファイル(コンテナイメージファイル)があればそれを利用する
- 当方で用意した.sif ファイル一覧.sifファイル一覧
- なければ、
singularity build
でコンテナイメージファイルを用意 - qsub用スクリプトに
singularity exec [options] your_image.sif [command, container's_options]
を書く - 実行
BUSCO 5.1.3 の例
- BUSCOのWebサイト[1]から Docker container をクリック
- Docker hub のページ[2]から使いたいTAGをクリック
- タイトルの「ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1」の文字列を使う
- bias5上で、
module load singularity/3.0
- 「busco513.sif」という名前でコンテナイメージファイルを作成する
singularity build busco513.sif docker://ezlabgva/busco:v5.1.3_cv1
- qsub用スクリプトの書き方
source /etc/profile.d/modules.sh module load singularity/3.0 singularity exec busco513.sif busco -i sample.fasta -m tran -o busco_result -l eukaryota_odb10