ジョブ管理システム SunGridEngine を用いた計算機の利用

ジョブ管理システム

• 複数のユーザが平等に計算機資源（メモリ, CPU）を使うためのしくみです。
• 投入された順番に空いている資源を利用して実行していきます。
• データ解析をする場合は、基本的にこのジョブ管理システムを利用してください
• 実行したい処理を シェルスクリプト シェルスクリプト入門へのリンク　に書き、qsub コマンドの引数にして実行させます。
• ここでは「Sun Grid Engine (SGE)　SGEユーザーズガイドへのリンク」というジョブ投入のシステムを採用しています。
  
  

利用可能なキュー および PE (Parallel Environment)

キュー一覧

	分散並列処理型 : parallel distributed processing			共有メモリ型 : shared memory
queue	small (default)	medium	large	smps	smpm	smpl	cat
ジョブの特徴	短時間・並列多	中規模	長時間	中メモリ	大メモリ	最大メモリ	denovoアセンブル用
Avairable hosts	node01~node40	node01~node40	node01~node40	ldas-smp	ldas-smp	ldas-smp	catl/catm/cats1/cats2
Max. execution time / job	6hr	72hr	no limit	no limit	no limit	no limit	no limit
Max. memory usage / job	4.8GB	4.8GB	4.8GB	500GB	1TB	4TB	512GB/1TB/96GB/96GB
Max. num of jobs / queue	580	200	20	8	4	1	112
Avairable PE	smp, mpi128, mpi256, make	smp, mpi128, mpi256, make	smp, mpi128, make	smp	smp	smp	smp, make

• キューの稼働状況はこちらをご覧ください[1]
• キューを指定しない場合、デフォルトでは「small」で実行されます。
• 1ユーザが全てのキュー合計で同時実行可能なジョブ数は、400
• 400個以上のジョブを投入すると401個目からは待ち状態になります。アレイジョブも同様
• denovoアセンブリ用catキューの使い方

PE (Parallel Environment) ： 並列環境インタフェース一覧

PE名	smp	mpi128	mpi256	make
PEの特徴	ホストをまたがない 1ホストの搭載コア数まで	並列128コアまで	並列256コアまで	各ホストから1つづつコアを確保

実行例

BLAST実行ジョブ（シェルスクリプト）の例　(ファイル名：blast.job)　（下記の「ジョブスクリプトオプション」も参考にしてください）

#!/bin/sh
#$ -q small
#$ -v BLASTDB="/bio/db/blast/db"
#$ -v BLASTMAT="/bio/db/blast/matrix"
/bio/bin/blastall -p blastx -e 0.001 -d nr -i  /home/xxx/sample.fa -o /home/xxx/sample.out

ジョブをSGEで実行（qsubコマンドにジョブファイルを渡す）

$ qsub blast.job

自分のジョブの様子を見る

$ qstat

全ユーザのジョブの様子を見る

$ qstat -u '*'

SGE コマンド早見表

投入後のジョブにコマンドを発行できるのは、ジョブを投入したユーザのみです。詳しいオプションはmanコマンドなどで確認してください。

コマンド	説明
qsub	ジョブを投入する
qstat	ジョブとキューの状態を表示する
qstat -u "user_name"	指定ユーザのジョブとキューの状態を表示する（"*" で全員）
qdel job-ID	指定したIDのジョブを削除する
qhold job-ID	指定したIDのジョブ（待機中のみ）をホールドする
qrls job-ID	ホールド状態のジョブをリリースする
qhost	各ノードの状態を表示する
qmod -sj job-ID	実行中のジョブをサスペンドする
qmod -usj job-ID	サスペンド中のジョブを再実行する
qmod -cj job-ID	エラーになったジョブを再実行する

ジョブスクリプトオプション早見表

オプション	説明
#$ -o filename	標準出力の結果を指定したファイルに保存（指定しないとホームディレクトリにファイルが作られる）
#$ -e filename	標準エラー出力の結果を指定したファイルに保存（指定しないとホームディレクトリにファイルが作られる）
#$ -q queue_name	キューを指定してジョブを実行
#$ -cwd	qsubした時のディレクトリに移動してジョブを実行
#$ -V	現在の環境を引き継ぐ
#$ -v 環境変数名=環境変数	環境変数をジョブに渡す。書き方例：JAVA_HOME="/home/xxxxx/jdk-1.8.1" ここで元の環境変数を参照することはできない。つまり PATH=/home/xxxxx/bin:$PATH 等と書いても「$PATH」は無視される
#$ -N job_name	ジョブ名を指定する
#$ -s shell_name	ジョブスクリプトを指定したシェルで実行
#$ -a MMDDhhmm	ジョブの開始日時を指定
#$ -l resource_name 値	ジョブが使うリソース量を指定する
#$ -pe PE_name プロセス数	並列ジョブを実行する場合の環境と並列数の指定
#$ -t 開始番号-終了番号	アレイジョブを実行　並列計算の実行#.E3.82.A2.E3.83.AC.E3.82.A4.E3.82.B8.E3.83.A7.E3.83.96