データベース

• 生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
  • BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
  • フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas

データベース名	アクセス名	説明	フォーマット	更新型
GenBank/GenBank-upd		核酸塩基配列	フラット, DBGET	定期/日々
EMBL/EMBL-upd		核酸塩基配列	フラット, DBGET	定期/日々
RefSeq/RefSeq-upd		核酸塩基配列	フラット, DBGET, FASTA, BLAST	定期/日々
EST_human EST_mouse EST_others	est_human est_mouse est_others	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-nt	nt	非冗長核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
gss	gss	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
HTGS	htgs	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
dbsts	dbsts	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
patnt	patnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
env_nt		核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
pdbnt	pdbnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-aa	nr	非冗長アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
RefSeq-protein		タンパク質アミノ酸配列	フラット, DBGET, FASTA, BLAST	定期
UniProt(TrEMBL. Swissprot)	trembl, swissprot	タンパク質アミノ酸配列	フラット, DBGET, FASTA, BLAST	日々
pataa	pataa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
env_nr	env_nr	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
pdbaa	pdbaa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
PDB	pdb	タンパク質立体構造	FASTA, BLAST	定期