「生物情報解析システム」の版間の差分
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*2018年6月11日より、生物情報解析システム Version5 へと、更新されます | |||
**ホームディレクトリのデータは、6月7日の 書き込み分まで、新システムに引き継がれます | |||
**bias4 にはログインできなくなり、「bias5.nibb.ac.jp」となります。 | |||
**分散処理システムのエンジンが、SunGridEngine (SGE) から '''PBS Pro''' へと変更になり、これまでの qsub用スクリプトファイルはそのままでは動かなくなります。詳細は下記をご覧ください。 | |||
*[[SGE用スクリプトファイルをPBS用に書き換える方法]] | |||
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*生物情報解析システム Version4 は、2014年1月から運用中です。 | *生物情報解析システム Version4 は、2014年1月から運用中です。 | ||
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== システム構成 == | == システム構成 == |
2018年6月1日 (金) 00:49時点における版
重要なお知らせ
- 2018年6月11日より、生物情報解析システム Version5 へと、更新されます
- ホームディレクトリのデータは、6月7日の 書き込み分まで、新システムに引き継がれます
- bias4 にはログインできなくなり、「bias5.nibb.ac.jp」となります。
- 分散処理システムのエンジンが、SunGridEngine (SGE) から PBS Pro へと変更になり、これまでの qsub用スクリプトファイルはそのままでは動かなくなります。詳細は下記をご覧ください。
- SGE用スクリプトファイルをPBS用に書き換える方法
概要
- 生物情報解析システム Version4 は、2014年1月から運用中です。
- 「共有メモリ型計算サーバ」メインメモリ 4TB (メモリが多く必要な解析に)
- 「分散処理用計算機クラスタ」800コア (CPUを沢山使って分散処理したい解析に)
- 次世代シーケンサデータ解析向け計算サーバとして、メインメモリ 512GB、1TBを持つ計算機も提供されています。
- 基礎生物学研究所内の方はもちろん、所外の研究者の方にもお使いいただけます。ユーザーアカウントの取得方法
- 利用資格などは内規をご覧ください。 生物情報解析システム:利用内規
- 全てのアプリケーション、データベース/ホームディレクトリを含めた全てのディスク領域は、全計算機から同様に使うことができます。
- システムをお使いいただくには「UNIXコマンドの知識」があることが前提になります。デスクトップ画面はありません。
障害・障害復旧情報
- 現在大容量ストレージ上にある「~/save」領域が故障のため使えません。鋭意修復作業中です。ご迷惑をおかけして申し訳ありません(2017/04/26〜)
停止予定
- 2018/06/08 〜 2018/06/11
システム構成
利用手続き
使い方
- ログイン
- ローカルマシンからデータをコピーする
- インストール済み分子生物学ソフトウェアの使い方
- ジョブ管理システム SunGridEngine を用いた計算機の利用
- 並列計算の実行
- 一人あたり利用可能なディスク容量について
- Tips & FAQ