「データベース」の版間の差分

2012年6月1日 (金) 07:29時点における版

生物情報解析システムで維持している分子生物学データベース一覧
- BLAST用データベースへのパス： /bio/db/blast/db
- フラットファイルへのパス： /bio/db/ideas

データベース名	アクセス名	説明	フォーマット	更新型
GenBank/GenBank-upd		核酸塩基配列	フラット, DBGET	定期/日々
EMBL/EMBL-upd		核酸塩基配列	フラット, DBGET	定期/日々
RefSeq/RefSeq-upd		核酸塩基配列	フラット, DBGET, FASTA, BLAST	定期/日々
EST_human/EST_mouse/EST_others	est_human	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-nt	nt	非冗長核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
gss	gss	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
HTGS	htgs	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
dbsts	dbsts	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
patnt	patnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
env_nt		核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
pdbnt	pdbnt	核酸塩基配列	FASTA, BLAST	定期
NCBI nr-aa	nr	非冗長アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
RefSeq-protein		タンパク質アミノ酸配列	フラット, DBGET, FASTA, BLAST	定期
UniProt(TrEMBL. Swissprot)	trembl, swissprot	タンパク質アミノ酸配列	フラット, DBGET, FASTA, BLAST	日々
pataa	pataa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
env_nr	env_nr	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
pdbaa	pdbaa	タンパク質アミノ酸配列	FASTA, BLAST	定期
PDB	pdb	タンパク質立体構造	FASTA, BLAST	定期

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 <tr><td>EST_human/EST_mouse/EST_others </td><td>est_human</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
 <tr><td>NCBI nr-nt</td><td>nt</td><td>非冗長核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
-<tr><td>gss </td><td></td>gss<td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
+<tr><td>gss </td><td>gss</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
-<tr><td>HTGS</td><td></td>htgs<td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
+<tr><td>HTGS</td><td>htgs</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
-<tr><td>dbsts </td><td></td>dbsts<td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
+<tr><td>dbsts </td><td>dbsts</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>
 <tr><td>patnt </td><td>patnt</td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST </td><td>定期</td></tr>
 <tr><td>env_nt</td><td></td><td>核酸塩基配列</td><td>FASTA, BLAST</td><td> 定期</td></tr>