データベース
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- 分子生物学データベース
- BLAST用データベースへのパス: /bio/db/blast/db
- フラットファイルへのパス: /bio/db/ideas
名前 | 説明 | フォーマット | 更新型 |
GenBank/GenBank-upd | 核酸塩基配列 | フラット, DBGET | 定期/日々 |
EMBL/EMBL-upd | 核酸塩基配列 | フラット, DBGET | 定期/日々 |
RefSeq/RefSeq-upd | 核酸塩基配列 | フラット, DBGET, FASTA, BLAST | 定期/日々 |
EST_human/EST_mouse/EST_others | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-nt | 非冗長核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
gss | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
HTGS | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
dbsts | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
patnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
pdbnt | 核酸塩基配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
NCBI nr-aa | 非冗長アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
RefSeq-protein | タンパク質アミノ酸配列 | フラット, DBGET, FASTA, BLAST | 定期 |
UniProt(TrEMBL. Swissprot) | タンパク質アミノ酸配列 | フラット, DBGET, FASTA, BLAST | 日々 |
pataa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
env_nr | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
pdbaa | タンパク質アミノ酸配列 | FASTA, BLAST | 定期 |
PDB | タンパク質立体構造 | FASTA, BLAST | 定期 |